Да, вы можете добавлять расходы в счет-фактуру.

Какие расходы можно вычесть?

Расходы, которые подлежат вычету для целей налогообложения, — это расходы на материалы и принадлежности, а также командировочные расходы, связанные с работой, за которую выставляется счет.